På den anden side af jorden er professor Sam McKay, ejer af Korallernes Videnscenter i Miami, i en alvorlig depression efter en personlig krise. Han har ikke lyst til at leve mere. Nyheden om den første undervandsby får livsgnisten til at blusse op igen, og han begiver sig ud på sit livs rejse. Havets Perle byder ikke bare på et arbejdsliv med nye venner, han støder også på en 2000 år gammel myte der viser sig at være en del anderledes end den som står beskrevet i bøgerne. Alt er dog ikke så idyllisk som det ser ud, og Sam kastes ud i at skulle redde meget mere end sit eget liv.