Romanen starter i 1808, hvor Reventlowfamilien omplanter to dygtige fæstebønder, Otte og Jerk, fra Als til Lolland. Sammen med deres familier giver Otte og Jerk sig i lag med det hårde arbejde i marken, og som årene går lykkes det for dem at gøre jorden mere frugtbar.

Samtidig arbejder rige købmænd med store planer om at inddæmme og tørlægge hele fjorden – planer der møder modstand hos småbønder og fjordfiskere, der ser deres livsgrundlag truet. Den 13. november 1872 kommer stormfloden, der slår alle bestræbelser og drømme omkuld, men sætter liv i nye. I bogens sidste del fortæller ingeniøren Nikolaj Ottesen, Otte-slægtens 4. generation, om sit bidrag til den endelige tørlægning af Rødby Fjord i 1929.

Og stormfloden kom er en barsk og bevægende roman om mennesker og deres livtag med naturens kræfter, om historiens hjul, der med nye kræfter ruller hen over gamle slægters møjsommeligt tilkæmpede landvindinger.