Nils Holmblad har set "Pigen Med Gaven" siden, han var barn. Han forstår ikke, hvem hun er, og hvorfor hun viser sig for ham, men der er en klar forbindelse mellem de to sjæle. Hans søgen efter svar krydser på tværs af den japanske Hiroki-familie, der også er del af noget, der er større end dem selv.  Pingvinmoderen er en metafysisk romance, der strækker sig over generationer og kontinenter. Skæbnens grene rækker langt og vidt, og er vi selv herre over, hvor vi er på vej hen i livet? Dette er en historie om familie, kærlighed, tragedie og om, hvordan tilsyneladende uvæsentlige møder kan have vidtrækkende konsekvenser.