Nye og gamle konflikter blomstrer op, da alle pludselig mistænker hinanden i den lille by. Politiet i Östersund indstiller eftersøgningen af Ebba. Men dagen efter bliver hendes lærer fundet brutalt knivdræbt i sit køkken. 

Efter flere dage er det lokale politi stadig ikke kommet tættere på en opklaring, så Nathalie Svensson, Johan Axberg og de andre medlemmer af Rigspolitiets gerningsmandsprofilgruppe tilkaldes. Det bliver en vanskelig opgave, og de må hurtigt erkende, at svarene på deres spørgsmål skal findes blandt byens inderste hemmeligheder. 

Skyggerne truer er femte bind i serien om psykiater og profiler Nathalie Svensson og kriminalinspektør Johan Axberg.